Полное секвенирование генома абортивного материала «Фертус»
Общая информация
Причинами наследственной патологии человека могут быть различные аномалии генома. Ряд наследственных заболеваний, таких как синдром Ретта у лиц мужского пола, ахондроплазия, синдром Блоха–Сульцбергера у лиц мужского пола, синдром множественных птеригиумов и многие другие, зачастую являются летальными и могут быть причиной неразвивающейся беременности, спонтанных абортов, привычного невынашивания беременности (наличие 2 и более эпизодов самопроизвольного прерывания беременности). По данным различных исследований, около 50% случаев невынашивания беременности не связаны с хромосомной патологией и могут быть связаны с патологией в генах.
Для понимания причин невынашивания беременности максимально информативным является исследование Полное секвенирование генома абортивного материала «Фертус», так как оно позволяет детектировать:
- Моногенную патологию (точечные мутации в экзонах, интронах и межгенных участках).
- Хромосомную патологию (анеуплоидии, триплоидию, делеции и дупликации, однородительские дисомии и участки отсутствия гетерозиготности), в том числе мозаичные варианты.
- Болезни экспансии (например, экспансию тринуклеотидных повторов).
- Патологию митохондриального генома.
Подробнее об исследовании
Срок выполнения теста — 90 дней.
Исследуемый биоматериал — ворсины хориона, плодное яйцо, ткань пупочного канатика, ткань плаценты, ткани плода — в 0,9% стерильном физиологическом растворе. Количество биоматериала: 0,5 кв.см. (только ткань, принадлежащая плоду/эмбриону!)
До получения материала лабораторией хранить в холодильнике. Не помещать материал в формалин! При невозможности обеспечить доставку биоматериала в течение 48 часов после забора образца, рекомендуется однократно заморозить абортивный материал. Доставлять замороженный биоматериал рекомендуется при стабильной температуре. Подвергать биоматериал многократной заморозке и разморозке запрещено!
Показания
Неразвивающаяся беременность, выкидыш. Проведение теста особенно актуально в случаях повторных эпизодов неразвивающейся беременности/спонтанного аборта; хромосомной патологии у плода во время предыдущей беременности; рождения ребёнка с хромосомной патологией в анамнезе; при отсутствии патогенного хромосомного дисбаланса по результатам ранее проведённых исследований.
Своевременная диагностика причин неразвивающейся беременности позволяет правильно подойти к вопросу планирования следующей беременности и избежать ненужных диагностических и лечебных мероприятий.
Подготовка к исследованию
Специальной подготовки не требуется. При себе желательно иметь направление или выписки/заключения от врачей.
Методика исследования
NGS (next generation sequencing) — секвенирование нового поколения.
Как сдать тест
Сдать тест можно, обратившись в офис лаборатории «Геномед», либо в офис компании партнера. При обращении с собой необходимо иметь направление от врача и выписки из истории болезни.
Интерпретация результатов
По результатам исследования Вы получаете интерпретацию генетика. Результат придет на указанную электронную почту.
FAQ(Frequently Asked Questions)
- Описание исследования:
Анализ ДНК проводится по технологии секвенирования нового поколения методом парно-концевого чтения. Для пробоподготовки используется методика фрагментации ДНК PCR free технологии пробоподготовки для анализа.
Анализ покрывает 98,5% всего генома.
Среднее покрытие составляет не менее 30х. Это означает, что каждый исследуемый участок генома в среднем анализируется не менее 30 раз для избежания влияния технических ошибок чтения на результаты исследования. Такое покрытие позволяет осуществлять детекцию вариантов, в среднем, не менее чем 98%. Для сложных участков генома (например, GC-богатых участков) среднее покрытие может быть ниже. Участки генома с покрытием, не соответствующим критериям достоверности вследствие технических ограничений сиквенса, в дальнейший анализ не включаются.
- Возможности исследования:
Метод позволяет выявить наследуемые или вновь возникшие (de novo) изменения структуры ДНК которые могут являться причиной генетического заболевания:
- Однонуклеотидные замены в том числе в интронных и межгенных участках.
- Небольшие инсерции и делеции – от 1 нуклеотида
- Делеции и дупликации (CNV) любого размера
- Варианты в митохондриальной ДНК
- Тринуклеотидные повторы (болезни экспансии)
- Как проводится обработка данных:
Обработка данных секвенирования проводится с использованием автоматизированного алгоритма, включающего выравнивание прочтений на референсную последовательность генома человека (hg38), постпроцессинг выравнивания, выявление вариантов и фильтрацию вариантов по качеству, а также аннотацию выявленных вариантов по каноническому транскрипту каждого гена и их приоритезацию с учетом рекомендаций ACMG. Варианты, не соответствующие критериям качества из дальнейшего анализа исключаются.
Автоматизированный алгоритм приоритезирует варианты по вероятности их клинического значения для данного пациента. Однако, это не означает, что какой-либо из обнаруженных вариантов является причиной заболевания у пациента.
- Интерпретация данных
Для оценки значимости варианта необходимо сопоставление найденных вариантов с клинической картиной пациента, а в некоторых случаях дополнительный биоинформатический анализ.
Если обнаруженный вариант ранее классифицирован как патогенный это не означает, что он может быть патогенным и у другого пациента.
Для оценки клинической релевантности выявленных вариантов при дальнейшем анализе необходимо использовать базу данных OMIM, специализированные базы данных по отдельным заболеваниям (при наличии) и литературные данные
В приоритезированный список включены обнаруженные варианты в кодирующих областях генов, обладающие средним и высоким влиянием на синтез белка (миссенс, нонсенс, сдвиг рамки считывания), а также варианты в сплайсинговых участках генов. Синонимичные варианты (не приводящие к замене аминокислот) и варианты в интронных областях генов, а также варианты с высокой частотой и не описанные ранее как патогенные, не включены в приоритезированный список.
- Выдача первичных данных:
По запросу пациента или лечащего врача могут быть представлены первичные данные секвенирования в формате FASTQ. Однако, анализ таких данных требует дополнительной их обработки, которая выполняется только подготовленным специалистом. Данная услуга является платной.
- Сроки готовности:
Мы делаем все возможное, чтобы вы получили свои результаты в согласованные сроки. Однако в отдельных случаях время подготовки отчета может быть увеличено.
Это связано со сложностью и многоэтапностью процесса генетического анализа, который требует безупречной точности на каждом шагу. Основные причины возможных задержек:
1 Сложность биоинформатической обработки.
Секвенирование генерирует огромный массив данных. Их анализ требует мощных вычислительных ресурсов и сложных алгоритмов. Иногда для обеспечения максимальной точности и надежности результата нашим специалистам требуется дополнительное время для валидации и настройки биоинформатической обработки.
2 Повторное секвенирование образца.
Контроль качества — неотъемлемая часть нашей работы. Если на этапе первичного анализа мы получаем данные, не удовлетворяющие нашим строгим внутренним стандартам качества (например, из-за низкой глубины прочтения или артефактов), мы проводим повторное секвенирование образца. Это гарантирует, что заключение будет сформировано на основе качественных данных, но требует дополнительного времени.
3 Технические работы и модернизация.
Для повышения эффективности и точности анализов мы регулярно проводим плановые технические работы и обновляем оборудование и программное обеспечение. Эти кратковременные периоды необходимы для постоянного улучшения сервиса.