FoundationOne CDx
FoundationOne CDx (F1CDx) – молекулярно-генетический тест на основе секвенирования следующего поколения (NGS), диагностирующий различные точечные мутации, инсерции, делеции, амплификации и транслокации в опухолевой ткани. Тест также предназначен для диагностики микросателлитной нестабильности (MSI), опухолевой мутационной нагрузки (TMB).
Информация о наличии в опухоли мутаций может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии. Например, при наличии активирующих мутаций в гене EGFR больным немелкоклеточным раком легкого в качестве терапии первой линии вместо стандартной химиотерапии могут быть назначены таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб). При обнаружении у больных раком толстой кишки активирующих мутаций в гене KRAS назначение таргетных препаратов (цетуксимаб, панитумумаб) нецелесообразно.
Другие примеры назначения таргетной терапии на основе обнаруженных мутаций:
|
Тип опухоли |
Мутация |
Терапия |
|
Немелкоклеточный рак легкого |
EGFR: делеции 19 экзона, L858R |
афатиниб, гефитинб, осимертиниб, эрлотиниб |
|
EGFR: T790M |
осимертиниб |
|
|
ALK: транслокации |
алектиниб, кризотиниб, церитиниб |
|
|
BRAF: V600E
|
дабрафениб, траметиниб |
|
|
MET: точечные мутации и мутации, приводящие к пропуску 14 экзона |
капматиниб |
|
|
Меланома |
BRAF: V600E
|
дабрафениб, вемурафениб
|
|
BRAF: V600E и V600K
|
траметиниб, кобиметиниб, вемурафениб |
|
|
Рак молочной железы |
ERBB2 (HER2): амплификация
|
трастузумаб, адо-трастузумаб эмтанзин, пертузумаб
|
|
|
PIK3CA: C420R, E542K, E545A, E545D, E545G, E545K, Q546E, Q546R, H1047L, H1047R, H1047Y |
алпелисиб |
|
Колоректальный рак |
KRAS: дикий тип (отсутствие мутаций во 2,3 экзонах) |
цетуксимаб |
|
KRAS: дикий тип (отсутствие мутаций во 2,3,4 экзонах) NRAS: дикий тип (отсутствие мутаций по 2,3,4 экзонах) |
панитумумаб
|
|
|
Рак яичников |
BRCA1/2: мутации |
олапариб, рукапариб |
|
Холангиокарцинома |
FGFR2: транслокации и структурные перестройки |
пемигатиниб |
|
Рак предстательной железы |
BRCA1, BRCA2, ATM, BARD1, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L: мутации
|
олапариб |
Преимущество теста FoundationOne®CDx перед другими диагностическими тестами, предназначенными для анализа мутаций в отдельных генах, заключается в возможности одновременного выявления мутаций во множестве генов, играющих важную роль в канцерогенезе.
Список генов, для которых проводится исследование всей экзонной последовательности для диагностики однонуклеотидных замен (SNP), небольших инсерций и делеций, крупных амплификации и делеции (CNV) (324 гена):
|
ABL1 |
BRAF |
CDKN1A |
EPHA3 |
FGFR4 |
IKZF1 |
MCL1 |
NKX2-1 |
PMS2 |
RNF43 |
TET2 |
|
ACVR1B |
BRCA1 |
CDKN1B |
EPHB1 |
FH |
INPP4B |
MDM2 |
NOTCH1 |
POLD1 |
ROS1 |
TGFBR2 |
|
AKT1 |
BRCA2 |
CDKN2A |
EPHB4 |
FLCN |
IRF2 |
MDM4 |
NOTCH2 |
POLE |
RPTOR |
TIPARP |
|
AKT2 |
BRD4 |
CDKN2B |
ERBB2 |
FLT1 |
IRF4 |
MED12 |
NOTCH3 |
PPARG |
SDHA |
TNFAIP3 |
|
AKT3 |
BRIP1 |
CDKN2C |
ERBB3 |
FLT3 |
IRS2 |
MEF2B |
NPM1 |
PPP2R1A |
SDHB |
TNFRSF14 |
|
ALK |
BTG1 |
CEBPA |
ERBB4 |
FOXL2 |
JAK1 |
MEN1 |
NRAS |
PPP2R2A |
SDHC |
TP53 |
|
ALOX12B |
BTG2 |
CHEK1 |
ERCC4 |
FUBP1 |
JAK2 |
MERTK |
NT5C2 |
PRDM1 |
SDHD |
TSC1 |
|
AMER1 |
BTK |
CHEK2 |
ERG |
GABRA6 |
JAK3 |
MET |
NTRK1 |
PRKAR1A |
SETD2 |
TSC2 |
|
APC |
C11orf30 |
CIC |
ERRFI1 |
GATA3 |
JUN |
MITF |
NTRK2 |
PRKCI |
SF3B1 |
TYRO3 |
|
AR |
CALR |
CREBBP |
ESR1 |
GATA4 |
KDM5A |
MKNK1 |
NTRK3 |
PTCH1 |
SGK1 |
U2AF1 |
|
ARAF |
CARD11 |
CRKL |
EZH2 |
GATA6 |
KDM5C |
MLH1 |
P2RY8 |
PTEN |
SMAD2 |
VEGFA |
|
ARFRP1 |
CASP8 |
CSF1R |
FAM46C |
GID4 (C17orf39) |
KDM6A |
MPL |
PALB2 |
PTPN11 |
SMAD4 |
VHL |
|
ARID1A |
CBFB |
CSF3R |
FANCA |
GNA11 |
KDR |
MRE11A |
PARK2 |
PTPRO |
SMARCA4 |
WHSC1 |
|
ASXL1 |
CBL |
CTCF |
FANCC |
GNA13 |
KEAP1 |
MSH2 |
PARP1 |
QKI |
SMARCB1 |
WHSC1L1 |
|
ATM |
CCND1 |
CTNNA1 |
FANCG |
GNAQ |
KEL |
MSH3 |
PARP2 |
RAC1 |
SMO |
WT1 |
|
ATR |
CCND2 |
CTNNB1 |
FANCL |
GNAS |
KIT |
MSH6 |
PARP3 |
RAD21 |
SNCAIP |
XPO1 |
|
ATRX |
CCND3 |
CUL3 |
FAS |
GRM3 |
KLHL6 |
MST1R |
PAX5 |
RAD51 |
SOCS1 |
XRCC2 |
|
AURKA |
CCNE1 |
CUL4A |
FBXW7 |
GSK3B |
KMT2A (MLL) |
MTAP |
PBRM1 |
RAD51B |
SOX2 |
ZNF217 |
|
AURKB |
CD22 |
CXCR4 |
FGF10 |
H3F3A |
KMT2D (MLL2) |
MTOR |
PDCD1 |
RAD51C |
SOX9 |
ZNF703 |
|
AXIN1 |
CD274 |
CYP17A1 |
FGF12 |
HDAC1 |
KRAS |
MUTYH |
PDCD1LG2 |
RAD51D |
SPEN |
|
|
AXL |
CD70 |
DAXX |
FGF14 |
HGF |
LTK |
MYC |
PDGFRA |
RAD52 |
SPOP |
|
|
BAP1 |
CD79A |
DDR1 |
FGF19 |
HNF1A |
LYN |
MYCL |
PDGFRB |
RAD54L |
SRC |
|
|
BARD1 |
CD79B |
DDR2 |
FGF23 |
HRAS |
MAF |
MYCN |
PDK1 |
RAF1 |
STAG2 |
|
|
BCL2 |
CDC73 |
DIS3 |
FGF3 |
HSD3B1 |
MAP2K1 |
MYD88 |
PIK3C2B |
RARA |
STAT3 |
|
|
BCL2L1 |
CDH1 |
DNMT3A |
FGF4 |
ID3 |
MAP2K2 |
NBN |
PIK3C2G |
RB1 |
STK11 |
|
|
BCL2L2 |
CDK12 |
DOT1L |
FGF6 |
IDH1 |
MAP2K4 |
NF1 |
PIK3CA |
RBM10 |
SUFU |
|
|
BCL6 |
CDK4 |
EED |
FGFR1 |
IDH2 |
MAP3K1 |
NF2 |
PIK3CB |
REL |
SYK |
|
|
BCOR |
CDK6 |
EGFR |
FGFR2 |
IGF1R |
MAP3K13 |
NFE2L2 |
PIK3R1 |
RET |
TBX3 |
|
|
BCORL1 |
CDK8 |
EP300 |
FGFR3 |
IKBKE |
MAPK1 |
NFKBIA |
PIM1 |
RICTOR |
TEK |
|
Гены, с участием которых могут быть диагностированы транслокации и фьюжн гены:
|
ALK
|
BRCA1
|
ETV4
|
EZR
|
KIT
|
MYC
|
NUTM1
|
RET
|
SLC34A2
|
|
BCL2 |
BRCA2 |
ETV5
|
FGFR1
|
KMT2A (MLL)
|
NOTCH2
|
PDGFRA
|
ROS1
|
TERC |
|
BCR
|
CD74
|
ETV6
|
FGFR2
|
MSH2
|
NTRK1
|
RAF1
|
RSPO2
|
TERT
|
|
BRAF
|
EGFR
|
EWSR1
|
FGFR3
|
MYB
|
NTRK2
|
RARA
|
SDC4
|
TMPRSS2
|
Исследование выполняется в лаборатории Foundation Medicine – лаборатории компаний Foundation Medicine Inc. (США)/Foundation Medicine Germany GmbH (Германия)
Материал для исследования: парафиновые блоки со стеклами (образец опухоли). Необходимо предоставить паспортные данные, выписку из истории болезни и гистологическое заключение.
Прием материала: в часы работы медицинского центра
Подготовка к исследованию: нет