Неонатальный скрининг базовый

Неонатальный скрининг – это массовое обследование новорожденных, которое проводится в первые дни жизни. Его цель – выявить тяжелые наследственные и врожденные заболевания до появления первых симптомов. Большая часть подобных заболеваний обусловлена нарушениями в ДНК.

Установление точной причины заболевания помогает определить прогноз для ребенка и родственников, определить риски повторения данного заболевания в семье, своевременно начать или скорректировать схему лечения.

Тест представляет собой молекулярно-генетическое исследование методом секвенирования нового поколения (NGS), направленное на выявление наследственных заболеваний, включенных в программы массового скрининга новорожденных.

Исследование включает гены, мутации в которых приводят к заболеваниям, входящим в актуальный перечень расширенного неонатального скрининга в Российской Федерации.

Показания. Тест рекомендуется проводить всем новорожденным в первые дни жизни, а также детям более старшего возраста при наличии клинических проявлений, похожих на наследственную патологию, или по желанию родителей.

Неонатальный скрининг базовый включает в себя наиболее значимые заболевания и синдромы, в том числе:

• Фенилкетонурия
• Муковисцидоз
• Врожденный гипотиреоз
• Первичные иммунодефициты
• Органические ацидурии и нарушения цикла мочевины
• Нарушения бета-окисления жирных кислот и метаболизма карнитина
• Мукополисахаридозы и лизосомные болезни накопления
• Дефекты биотинидазы и голокарбоксилазы
• Спинальные мышечные атрофии
• Атаксии и спастические параплегии.

В исследование также включен анализ числа копий 7 экзона гена SMN1.

Метод исследования: секвенирование нового поколения (NGS) с глубиной прочтения 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем не менее 70 раз для снижения влияния технических ошибок секвенирования на результаты исследования).

Ограничения:

• Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы);
• Точность метода снижена в сложных участках генома (GC-богатые и poly-n-участки).

Заключение по результатам исследования. В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких десятков.  Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то среди клинически значимых вариантов выбираются те, которые имеют отношение к фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента.  К заключению прилагается файл со всеми обнаруженными вариантами. Однако следует знать, что интерпретация данных секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-генетик, прошедший специальную подготовку, может дать правильную консультацию по результатам исследования.

Неонатальный скрининг базовый анализирует 318 генов:

ABCD4, ACADM, ACADS, ACADVL, ACAT1, ADA, APC, AR, ARG1, ARHGEF1, ARPC1B, ARPC5, ASAH1, ASCC1, ASS1, ATM, ATP6AP1, ATP7A, AXIN2, B2M, BACH2, BAP1, BARD1, BCKDHA, BCKDHB, BCL10, BCL11B, BICD2, BLM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BSCL2, BTD, BTK, C11orf65, CARD10, CARD11, CARD9, CARMIL2, CBS, CD19, CD247, CD28, CD320, CD3D, CD3E, CD3G, CD4, CD40LG, CD81, CD8A, CDC73, CDCA7, CDH1, CDK12, CDK4, CDKN2A, CDKN2B-AS1, CEBPE, CFTR, CHEK1, CHEK2, COPG1, COQ7, CORO1A, CPT1A, CPT2, CR2, CTNNA1, CTNNBL1, CTPS1, CYBB, CYP21A2, DBT, DCTN1, DEF6, DHFR, DICER1, DLD, DNAJB2, DNAJC12, DNMT3B, DOCK2, DPP9, DUOX2, DUOXA2, DYNC1H1, EMILIN1, EPCAM, ETFA, ETFB, ETFDH, FADD, FAH, FBXO38, FCGR3A, FCHO1, FH, FLCN, FLT3LG, FNIP1, GALE, GALK1, GALM, GALT, GARS1, GATA2, GCDH, GCH1, GINS1, HADHA, HADHB, HCFC1, HELLS, HLCS, HMGCL, HPD, HSPB1, HSPB3, HSPB8, HYOU1, ICOS, ICOSLG, IFIH1, IFNAR1, IFNAR2, IFNG, IFNGR1, IFNGR2, IGHMBP2, IKBKB, IKBKG, IKZF1, IKZF3, IL12B, IL12RB1, IL17RA, IL21, IL21R, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL6ST, IL7, IL7R, IRAK4, IRF1, IRF2BP2, IRF7, IRF8, IRF9, IRS4, ISG15, IVD, IVNS1ABP, IYD, KIT, LAT, LCK, LCP2, LIG1, LMBRD1, LRBA, MALT1, MAP3K14, MCM10, MCM4, MCTS1, MEN1, MET, MITF, MLH1, MMAA, MMAB, MMACHC, MMADHC, MMUT, MPEG1, MRTFA, MS4A1, MSH2, MSH2-OT1, MSH3, MSH6, MSN, MTHFR, MTR, MTRR, MUTYH, MYD88, NBN, NCKAP1L, NF1, NF2, NFKB1, NFKB2, NHEJ1, NKX2-5, NTHL1, OAS1, ORAI1, OTULIN, PAH, PALB2, PAX8, PCBD1, PCCA, PCCB, PGM3, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PLEKHG5, PMS2, POLD1, POLD3, POLE, POLR3F, PPM1K, PRDX1, PRKDC, PSMB10, PTCH1, PTCRA, PTPRC, PTS, QDPR, RAC2, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, RASGRP1, RECQL4, REEP1, REL, RELB, RET, RHOH, RIPK1, RNF31, RORC, RTN2, SASH3, SDHB, SDHC, SDHD, SEC61A1, SH3KBP1, SIGMAR1, SLC19A1, SLC22A5, SLC25A1, SLC25A20, SLC5A5, SLC5A7, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMN1, SPPL2A, SPTAN1, STAT1, STAT2, STIM1, STK11, STK4, SUCLA2, SUCLG1, SUFU, SYK, TAT, TBL1X, TBX21, TET2, TFRC, TG, TH2LCRR, THAP11, THRA, TLR3, TLR7, TLR8, TNF, TNFRSF13B, TNFRSF13C, TNFRSF4, TNFRSF9, TOE1, TOM1, TP53, TPO, TPP2, TRAC, TRHR, TRIP4, TRPV4, TSC1, TSC2, TSHB, TSHR, TSPAN31, TYK2, UBA1, UNC119, VAPB, VHL, VRK1, VWA1, WARS1, WAS, WT1, XRCC2, ZAP70, ZBTB24, ZNFX1.